你好，我认为你混淆了两种处理投影的不同操作。
指定投影(Define Projection)：在 ArcGIS 中查看属性时，如果 Shapefile 或其他要素类当前没有定义空间参考，则可以使用此投影。如果你根据某些观察知道为图层定义的投影是错误的，也可以使用此功能。通常是因为你发现图层要素的坐标不适合当前定义的投影或者其他一些线索吧。
此操作只是用你指定的其他投影覆盖现有投影。你同样可以在 ArcCatalog 的“XY 坐标系”选项卡来指定投影。
重投影(Reproject)：当你的要素类已定义了投影，并且你想将其转换为不同的投影时，使用此工具。这将通过投影变换算法，将要素更改为新投影的坐标空间。
我猜测你可能是将以度为单位的地理坐标系数据，直接修改为了以米为单位的投影坐标系（或者投影坐标系中忽略了带号），而引起的数据范围偏差过大。所以，没能显示出另外的3个图层。
综上，建议你使用重投影工具，将另外3个图层，重新投影到已经可以正常显示图层的投影下。